期刊简介

本刊是全国生物医学工程工作人才沟通学术思想、交流学术经验的园地。报道有创造性的最新科研论文和研究简讯。包括学科有:人工器官和生物医用材料,生物效应,生物信息与控制;生物力学;生物医学仪器;中医工程;临床工程等。读者对象是国内外生物医学工程学工作者、医务工作者以及其他从事自然科学研究和有关工程技术人员。

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  • 杂志名称:中国生物医学工程学报杂志
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国生物医学工程学会
  • 国际刊号:0258-8021
  • 国内刊号:11-2057/R
  • 出版周期:双月刊
期刊荣誉:中国期刊全文数据库(CJFD)期刊收录:医学文摘, 万方收录(中), 统计源核心期刊(中国科技论文核心期刊), CSCD 中国科学引文数据库来源期刊(含扩展版), 文摘与引文数据库, 国家图书馆馆藏, 维普收录(中), 上海图书馆馆藏, SA 科学文摘(英), JST 日本科学技术振兴机构数据库(日), CA 化学文摘(美), 北大核心期刊(中国人文社会科学核心期刊), 知网收录(中)
中国生物医学工程学报杂志2011年第06期

生物序列比对算法与图形硬件加速研究

张林;柴惠;沃立科;沃兴德

关键词:生物分子, 序列比对, 动态规划算法, 图形硬件
摘要:探索准确、高效、低成本、通用性并存的生物序列比对方法.将点阵图算法、启发式算法等各种序列比对算法中准确性高的动态规划算法在计算机中实现,并通过流模型将其映射到图形硬件上,以实现算法加速;通过数据库比对搜索实例,进行比对时间和每秒百万次格点更新(MCUPS)性能值评测.结果表明,该加速算法在保证比对准确性的同时,能较大地提高比对速度.与目前快的启发式算法相比,比对平均加速为18倍,高加速可达28倍.