期刊简介
本刊是全国生物医学工程工作人才沟通学术思想、交流学术经验的园地。报道有创造性的最新科研论文和研究简讯。包括学科有：人工器官和生物医用材料，生物效应，生物信息与控制；生物力学；生物医学仪器；中医工程；临床工程等。读者对象是国内外生物医学工程学工作者、医务工作者以及其他从事自然科学研究和有关工程技术人员。
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首页>中国生物医学工程学报杂志
- 杂志名称：中国生物医学工程学报杂志
- 主管单位：中国科学技术协会
- 主办单位：中国生物医学工程学会
- 国际刊号：0258-8021
- 国内刊号：11-2057/R
- 出版周期：双月刊
期刊荣誉：中国期刊全文数据库(CJFD)期刊收录：医学文摘, 万方收录(中), 统计源核心期刊(中国科技论文核心期刊), CSCD 中国科学引文数据库来源期刊(含扩展版), 文摘与引文数据库, 国家图书馆馆藏, 维普收录(中), 上海图书馆馆藏, SA 科学文摘(英), JST 日本科学技术振兴机构数据库(日), CA 化学文摘(美), 北大核心期刊(中国人文社会科学核心期刊), 知网收录(中)
一种针对RNA-Seq数据的基因异构体表达水平计算方法
刘学军；李蒙；张礼
关键词：RNA-seq, 异构体表达, 多源映射, LDA, 概率模型
摘要：RNA-Seq是基于高通量测序技术对转录组进行研究的实验技术,被大量用来进行基因的选择性剪切研究.针对RNA-Seq数据中读段对基因异构体的多源映射以及读段在基因参考序列上呈非均匀分布的问题,基于文本数据分析领域流的LDA(latent dirichlet allocation)模型,提出了一个新的基因异构体表达值计算方法LDAseq.利用已知的基因异构体注释信息对模型参数进行约束,解决读段对基因异构体的多源映射问题;通过引入固定长度的“探针”将基因参考序列进行分段,解决读段在整个基因参考序列上呈非均匀分布的问题.将LDAseq应用到一个小鼠数据集和一个人类乳腺癌数据集,并和目前流行的方法Cufflinks和RSEM进行对比.结果表明,所提出的LDAseq方法相比Cufflinks和RSEM准确率分别提高了75.5％和62.8％,从而获得了较为准确的基因异构体表达水平计算结果.
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